Eu-miljoner underlättar genstudier

Forskarna ska lättare hitta biologiska data när de exempelvis söker information om sjukdomsanknutna gener. För detta ändamål har EU:s kommission nu anslagit 8,3 miljoner Euro. Linnés centrum för bioinformatik (LCB) i Uppsala är ett av de 17 institut i 11 länder som får del av dessa pengar. Nätverket som får miljonerna kallas "EMBRACE Network of Excellence" och koordineras från "The European Bioinformatics Institute", EBI, i Storbritannien. Uppgiften är att förenkla och standardisera det sätt på vilket informationen i databaser med biologiska data görs tillgänglig för forskare runt om i Europa. Forskare inom livsvetenskapsområdet är beroende av att lägga den enorma mängden av nyvunnen information om gener i databaser. Medicinska genetiker letar exempelvis igenom det mänskliga genomet för att finna sjukdomsanknutna gener. Det stora problemet är att forskarna måste söka igenom tiotals olika databaser för att hitta all känd information om de gener de söker. Oftast skiljer sig de erbjudna metoderna för att ta del av informationen åt, vilket vållar extra arbete. - Många eleganta och kraftfulla biologiska dataverktyg är därför dåligt utnyttjade, säger Erik Bongcam-Rudloff från LCB, medlem i styrgruppen för EMBRACE. -EMBRACE kommer att låsa upp dem genom att standardisera tillgången till dem. Projektdeltagarna kommer att sammanföra databaserna vid olika institut till en gemensam resurs som den enskilde forskaren kan nå med ett så långt möjligt välbekant gränssnitt. Denna geografiskt utbredda resurs utgör ett så kallat. "data grid", dvs. ett nätverk, där summan av de enskilda delarna blir till en enda lätthanterlig informationskälla. För att snabbt låta forskare ta del av detta arbete kommer man att börja med att lägga in de största forskningsinstitutens databaser i EMBRACE-systemet. En tidlös teknik används och man kommer att sprida information om systemet till alla forskare inom området. Tanken är att dels få forskarna att använda sig av EMBRACE när de söker information, dels att få dem att ansluta sina egna databaser så fort som möjligt. För mer information kontakta docent Erik Bongcam-Rudloff vid Linnés Centrum för bioinformatik, tel. 018-471 66 96, 070-425 07 57 eller via e-post erik.bongcam@lcb.uu.se, Pressbilder finns på http://www.slu.se/page.cfm?page=106 Linnés centrum för bioinformatik (LCB), tillkom efter en stor donation på 60 Mkr från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse och med bidrag från Stiftelsen för strategisk forskning på 7,5 Mkr. Det invigdes år 2002. Centret har skapats för att erbjuda den biomedicinska forskningen, framför allt inom Uppsalaområdet, en kompetens i världsklass inom området bioinformatik. LCB är ett samarbete mellan SLU (Sveriges lantbruksuniversitet) och Uppsala universitet, med ett trettiotal forskare, doktorander och studenter, samt teknisk och administrativ personal. LCB finns vid Uppsala biomedicinska centrum (BMC, www.bmc.uu.se ) och bedriver spetsforskning inom områden som genexpressionsanalys, multifaktoriella gendetektionsstudier, beräkningsbaserad funktionsgenomik, komparativ genomik, molekylär evolutionsbiologi och bioinformatiska studier av tRNA. Inom verksamheten vid LCB möts bioinformatikens tre hörnstenar, biomedicin, datavetenskap och matematik. Läs mer: http://www.lcb.uu.se